Lajitietokeskus hyödyntää GBIF:n taksonomiaa tuntemattomien lajinimien käsittelyssä. Tämä helpottaa erityisesti sellaisten kokoelmanäytteiden löydettävyyttä ja käsittelyä, joiden nimi ei löydy Lajitietokeskuksen lajiluettelosta.
Mikä on ”tuntematon nimi”?
Nimi katsotaan tuntemattomaksi, jos:
- sitä ei ole linkitetty mihinkään taksoniin,
- se on linkitetty GBIF:n taksonomiassa olevaan taksoniin,
- se on linkitetty Lajitietokeskuksen taksoniin, koska GBIF:n taksonit tai synonyymit ovat olleet mukana ”alin yhteinen esi-isä” -logiikassa,
- nimi ei vastaa täsmällisesti mitään tunnettua nimeä tai
- nimi kuuluu väärään eliökuntaan (kingdom).
Kokoelman oletuseliökunnan määrittäminen
Järjestelmä määrittää jokaiselle havaintokokoelmalle oletetun eliökunnan sen perusteella, mihin eliökuntaan suurin osa kokoelman havainnoista on linkitetty:
- Jokaisen kokoelman osalta lasketaan, kuinka monta havaintoa on linkitetty kuhunkin eliökuntaan.
- Jos yksi eliökunta kattaa vähintään 95 % havainnoista ja kokoelmassa on vähintään 1000 havaintoa, merkitään se kokoelman oletuseliökunnaksi.
- Muussa tapauksessa oletuseliökuntaa ei määritetä.
Tämän avulla järjestelmä voi merkitä taksonilinkityksen selvistä tarvitsevaksi, jos se on ristiriidassa kokoelman oletuseliökunnan kanssa.
Esimerkki:
Lajitietokeskuksen taksonomiassa on kasvilaji Pinus (Plantae). Eläinkokoelmassa on näyte, jonka nimi on ”Pinus”. Jotta näyte ei linkity kasvitaksoniin, Pinus halutaan käsitellä tuntemattomana nimenä, jolloin järjestelmään voidaan luoda Pinus (Animalia) -taksoni, johon eläinnäyte voidaan linkittää.
GBIF-taksonien luontilogiikka
- Lähtötieto on nimi ja mahdollisesti oletettu eliökunta (preferred kingdom).
- Yritetään löytää täsmällinen osuma Lajitietokeskuksen tai GBIF:n taksonomiasta:
- Tarkistetaan, löytyykö nimi GBIF-taksonomiasta.
- Jos Lajitietokeskuksen taksonomiasta löytyy osuma oikeasta eliökunnasta, GBIFistä ei luoda uutta taksonia.
- GBIF-taksonomiaa käytetään vain, jos:
- kaikki Lajitietokeskuksen osumat ovat väärässä eliökunnassa, tai
- ei ole ilmoitettu oletuseliökuntaa eikä Lajitietokeskuksesta löydy osumia.
- Jos osumaa ei vieläkään löydy, yritetään yksinkertaistaa nimeä vaiheittain (esim. poistetaan ”subsp.”, risteymäsymbolit ”×”, kuvailevat lisäykset tai muodot kuten ”f.”).
- Käsitellään eri lopputulokset:
- Yksi osuma, sama eliökunta:
Jos Lajitietokeskus ja GBIF ovat samaa mieltä eliökunnasta, uutta taksonia ei luoda. - Osuma vain GBIFissä:
Jos Lajitietokeskuksessa ei ole osumaa, mutta GBIFissä on taksoni oikeassa eliökunnassa, järjestelmä luo kyseisen taksonin luetteloon. - Ristiriita eliökunnassa:
Jos Lajitietokeskuksessa on taksoni väärässä eliökunnassa, mutta GBIFissä oikeassa, järjestelmä luo GBIF-taksonin.
Esimerkki: Nimi Pinus ilmoitetaan Animalia-kokoelmassa → FinBIF tunnistaa sen kasviksi, mutta GBIFissä on eläinsynonyymi → järjestelmä luo eläintaksonin. - Useita synonyymejä:
Jos löytyy useita synonyymeja, jokainen luodaan ja linkitetään oikealle hyväksytylle vanhemmalle. Poikkeuksena: Jos vanhempi on ”epävarma” (doubtful), synonyymit luodaan vain, jos hyväksyttyä vanhempaa ei ole saatavilla. - Risteymät, ryhmät, kokoelmat:
Risteymänimet (Amelanchier × spicata, Dryopteris carthusiana × clintoniana) ja ryhmämuodot (”coll./aggregate”) eivät yleensä täsmää suoraan.
→ Tällöin järjestelmä käyttää vain ensimmäistä sukua (esim. Amelanchier). Huomiona: Tähän on päädytty koska näin näyte/havainto löytyy kun aineistoja tutkitaan taksonomisen rajauksen tai muotoryhmien avulla; jos nimi jätettäisiin linkittämättä, näyte/havainto jäisi käyttämättä ja löytämättä. - Alalajit ja muut alemmat tasot:
Jos koko alalajinimeä ei löydy, järjestelmä yrittää ratkaista lajin tasolla.
Esimerkki: Osmunda regalis subsp. spectabilis → vain Osmunda regalis löytyy. - Paikallinen synonyymien sovittaminen:
Jos GBIFin hyväksytty nimi tunnistetaan Lajitietokeskuksen taksonin synonyymiksi:
→ GBIFin ”hyväksytty” nimeä ei lisätä luetteloon taksonina, vaan se merkitään Lajitietokeskuksen hyväksytyn nimen synonyymiksi.
- Yksi osuma, sama eliökunta:
- Luodaan taksonominen hierarkia tarvittaessa
Kun uusi GBIF-pohjainen taksoni luodaan, myös puuttuvat ylemmät tasot (suku, heimo, lahko jne.) luodaan vaiheittain.
→ Nämä uudet vanhemmat linkitetään sekä Lajitietokeskuksen hierarkiaan (oikeaan ylempään taksoniin) että GBIFin hierarkiaan.
Esimerkki: Octoblepharum pulvinatum → luodaan suku Octoblepharum ja heimo Octoblepharaceae olemassa olevan lahkon Dicranales (MX.70691) alle. - Ratkaisemattomat nimet
Jos nimeä ei löydetä edes yksinkertaistamisen jälkeen (esim. ”unknown sp.”, ”monarkkiperhonen”), mitään ei luoda.